Su richiesta e in collaborazione con insegnanti, educatori o genitori vengono creati progetti speciali di approfondimento culturale a tutti i livelli.

Nel 2010 il Museo Vincenzo Vela continua la sua collaborazione con l'Istituto scolastico di zona "Collina" a

Lugano con il progetto Il piccolo Principe di Antoine de Saint-Exupéry. Negli anni scorsi, il Museo Vincenzo Vela ha collaborato con le scuole del comprensorio di Besso con il progetto Silvio D'Arzo incontra Vincenzo Vela, guidati dal testo di Silvio D'Arzo Il pinguino senza frac.
Inoltre è stato attivo nella preparazione della rappresentazione interdisciplinare Quadri di un'esposizione, in collaborazione con la V B del Comprensorio di Pazzallo, l'Associazione Culturale Campo Teatrale e Spazio Danza di Chiasso. Il progetto si è ispirato alla Sinfonia Quadri di un'esposizione di Modest Mussorgsky ed è sfociato in uno spettacolo per tutti che si è tenuto al Museo Vincenzo Vela.